تتحدد هيكلة المركز في التالي:
- مجلس الأمناء.
- رئيس المركز.
- المدير التنفيذي.
- وحدة البحوث والدراسات والتطوير.
- وحدة الفعاليات والأنشطة.
- وحدة المعلومات وقياس الرأي العام.
- وحدة التوثيق والترجمة والنشر.
- وحدة التواصل الدولي ومنظمات المجتمع المدني.
- وحدة التدريب والتأهيل.
- وحدة الموارد المالية والبشرية.
- وحدة السكرتارية والعلاقات العامة.
وحدة البحوث والدراسات والتطوير:
- من أهم الوحدات في المركز وتشكل الأساس الذي يحـدد التوجـهـات لإعــداد وتنفيــذ البحــوث والدراســات فــي شتــى حقــول المعرفـــــة والمعلـوماتيــــة واحتيـاجــــات التنمـيـــــة السياسـيـــــة والبشريـــــة والاقتصادية والاجتماعية والثقافية وغيرها.
- تقــوم هـذه الوحــدة بتنسيـــق جهـــود الباحثيـــن عبـــر الاستعانـــــة بالكفاءات والخبــرات وتوجيهم نحو القضايا والمجالات التي يتـــم إعداد الدراسات والأبحاث حولها وفـقــاً لأهــداف المركــز العلميـــة والاقتصادية المتخصصة.
وحدة الفعاليات والأنشطة:
- تقوم هذه الوحدة بإلاعداد للفعاليات والأنشطـة التـي يقـــوم بهـــا المركز داخلياً وخارجياً بصـورة منفــــردة أو بالتنسيــــق والتعــــاون مع المراكز العلمية والبحثية الأخرى مثل النــــدوات والمحاضــرات وورش العمــل وتبــادل الزيــارات والخبرات والمعلومات في الإطارالبحثي والعلمي.
وحدة المعلومات وقياس الرأى العام:
- تهتم هــذه الوحــدة بالجانــــب المعلومـاتــي وتوفـيــــره للبـاحثـيـــن وتتولى عبر منهجية علمية بحثية لإجراء الاستطـلاعـــــات وقيـــاس الرأي العام إزاء القضايا والتطورات التي تهم الرأي العام المحلـــــي أو العربي أو العالمي والتعــرف مـن خلالـهــــا علــى المـواقــف والآراء والاتجاهات إزاء تلـك القضـايا والتطورات .
- إجراء المسوحات الميدانية واستطلاعات قياس الرأي العـام علــــــى المـسـتـويـات الجـماعـيــة والإقليميــة إزاء القضـايــا والتـطــــــــورات السياسيـة والتنمويــة والفكريــــة والثقافية والإجتماعية التي تهم الرأي العام.
وحدة التواصل الدولى ومنظمات المجتمع المدني:
- تتولى هذه الوحدة مسئوليـة التواصل مــع المراكز البحثية والثقافيــة والمنظمــات الدوليــة ومنظمــات المجتمــع المدنـي فـي اليمن وخارجه.
- مــد جســور التواصــل مــع الجهــات الدوليــة ذات الأنشطــة المماثلــــة.
وحدة التوثيق والترجمة والنشر:
- تتولى هذه الوحدة الجوانب التوثيقية والترجمة للكتب والتقارير والأبحاث العلمية المختصة في شتـى حقــول المعرفــة ونشرهــا عبــر المركز ودورياته وموقعه الإلكتروني وبما يكفل توفير مـادة علميــة رصينـة لتعميـم الفائــدة.
- تعزيز جسور التواصـل الثقافي والمعرفـي المتبـادل بيــن الثقافـــات والحضارات الإنسانية.
- إعداد التقارير الشهرية والسنوية على ضوء الأبحـاث والدراسـات التي يجريـها باحثــوا المركــز وعـــدد مـــن المتخصصيـن الذيـن يتــم الإستعانة بآرائهم وخبراتهم فـي مختلــف المجـــــالات التـى تخـــدم المجتمع وأهداف التنمية.
وحدة التدريب والتأهيل:
- تُعنى هذه الوحدة بإعداد وتدريب وتأهيــل الكــوادر الوطنيــة وبخاصـــة الشباب في مـخـتـلف مجالات العمـل التطبيقـي والمعرفـي لإدماجـهــم فـــي المجتمــــع وبمــا يلبــي احتياجـــات التنميـــــة البشريــــــة والاقتصاديــــة والاجتماعيــة وســوق العمــل .
- الاستعانة بمجموعة من المدربين المختصين والمؤهلين على أعلى مستوى ووفق أحدث الأساليب التعليمية والتدريبية وتوظيف التقنيات الحديثة المتاحة في هذا المجال وتوظيـف إمكـانـاتـهـم لخدمـة أهـداف التـدريـب والتأهيل.
وحدة الموارد المالية والبشرية:
- تتولى إدارة شئون الموارد المالية والبشرية في المركز وتطويرها.
وحدة السكرتارية والعلاقات العامة:
- تتولــى إدارة شــئون السكرتاريــة والمتابعـــة والإعــداد للنــــدوات والفعاليات والأنشطة التـي يقيمهــا المركــز بمفــرده أو بالتعـــاون مع الآخــرين.